Tutorial

Comment installer R sur Ubuntu 20.04

RUbuntu 20.04

Introduction

Langage de programmation à code source ouvert, R est largement utilisé pour l'analyse des données et le calcul statistique. Soutenu par la Fondation R pour le calcul statistique, il s'agit d'un langage de plus en plus populaire et extensible, disposant d'une communauté active. R offre de nombreux paquets générés par l'utilisateur pour des domaines d'études spécifiques, ce qui le rend applicable à de nombreux domaines.

Dans ce tutoriel, nous allons installer R et montrer comment ajouter des paquets du réseau officiel d'archives Comprehensive R Archive Network (CRAN).

Conditions préalables

Pour suivre ce tutoriel, vous aurez besoin d'un serveur Ubuntu 20.04 avec :

  • au moins 1 Go de RAM
  • un utlisateur non-root avec privilèges sudo

Pour apprendre comment réaliser cette configuration, suivez notre guide de configuration initiale du serveur.

Une fois que ces conditions préalables sont réunies, vous êtes prêt à commencer.

Étape 1 — Installation de R

Comme R est un projet qui évolue rapidement, la dernière version stable n'est pas toujours disponible dans les référentiels d'Ubuntu, nous commencerons donc par ajouter le référentiel externe maintenu par le CRAN.

Remarque : CRAN maintient les référentiels au sein de son réseau, mais tous les référentiels externes ne sont pas fiables. Veillez à n'installer qu'à partir de sources fiables.

Commençons par ajouter la clé GPG pertinente.

  • sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9

Lorsque nous exécutons la commande, nous obtiendrons le résultat suivant :

Output
Executing: /tmp/apt-key-gpghome.cul0ddtmN1/gpg.1.sh --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9 gpg: key 51716619E084DAB9: public key "Michael Rutter <marutter@gmail.com>" imported gpg: Total number processed: 1 gpg: imported: 1

Une fois que nous avons la clé de confiance, nous pouvons ajouter le référentiel.

Notez que si vous n'utilisez pas 20.04, vous pouvez trouver le référentiel approprié dans la liste R Project Ubuntu, nommé pour chaque version. Ubuntu 20.04 est appelé Focal Fossa, et la version la plus récente de R est la 4.0.0, d'où la convention de dénomination du référentiel ci-dessous — focal-cran40.

  • sudo add-apt-repository 'deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu focal-cran40/'

Dans la sortie qui s'affiche, vous devez identifier des lignes similaires à ce qui suit :

Output
... Get:7 https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu focal-cran40/ InRelease [3622 B] Get:8 https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu focal-cran40/ Packages [15.6 kB] ...

Nous devrons ensuite exécuter update afin d'inclure les manifestes des paquets du nouveau référentiel.

  • sudo apt update

Assurez-vous que l'une des lignes de sortie est similaire à celle qui suit :

Output
... Hit:5 https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu focal-cran40/ InRelease ...

Si la ligne ci-dessus apparaît dans la sortie de la commande update, c'est que nous avons correctement ajouté le référentiel. Nous pouvons être sûrs de ne pas installer accidentellement une version plus ancienne.

À ce stade, nous sommes prêts à installer R avec la commande suivante.

  • sudo apt install r-base

Si vous êtes invité à confirmer l'installation, appuyez sur y pour continuer.

Au moment où nous écrivons ces lignes, la dernière version stable de R du CRAN est la 4.0.1, qui est affichée lorsque vous démarrez R.

Comme nous prévoyons d'installer un paquet d'exemple pour chaque utilisateur du système, nous allons démarrer R en tant que root afin que les bibliothèques soient automatiquement disponibles pour tous les utilisateurs. Sinon, si vous exécutez la commande R sans sudo, une bibliothèque personnelle peut être mise en place pour votre utilisateur.

  • sudo -i R
Output
R version 4.0.0 (2020-04-24) -- "Arbor Day" Copyright (C) 2020 The R Foundation for Statistical Computing Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit) ... Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or 'help.start()' for an HTML browser interface to help. Type 'q()' to quit R. >

Cela confirme que nous avons installé R avec succès et que nous sommes entrés dans son shell interactif.

Étape 2 — Installation des paquets R à partir de CRAN

La force de R réside en partie dans l'abondance de paquets d'extension disponibles. À des fins de démonstration, nous installerons txtplot, une bibliothèque qui produit des graphiques ASCII comprenant des nuages de points, des graphiques linéaires, des diagrammes de densité, des acf et des graphiques à barres :

  • install.packages('txtplot')

Remarque : La sortie suivante indique l'endroit où le paquet sera installé.

Output
... Installing package into ‘/usr/local/lib/R/site-library’ (as ‘lib’ is unspecified) ...

Ce chemin d'accès à l'échelle du site est disponible car nous avons utilisé R comme racine. Cet emplacement mettra le paquet à la disposition de tous les utilisateurs.

Lorsque l'installation est terminée, nous pouvons charger txtplot

  • library('txtplot')

S'il n'y a pas de messages d'erreur, la bibliothèque a été correctement chargée. Mettons-le en action maintenant avec un exemple qui démontre une fonction de traçage de base avec des étiquettes d'axes. Les données de l'exemple, fournies par le paquet datasets de R, contiennent la vitesse des voitures et la distance nécessaire pour s'arrêter sur la base des données des années 1920 :

  • txtplot(cars[,1], cars[,2], xlab = 'speed', ylab = 'distance')
Output
+----+-----------+------------+-----------+-----------+--+ 120 + * + | | d 100 + * + i | * * | s 80 + * * + t | * * * * | a 60 + * * * * * + n | * * * * * | c 40 + * * * * * * * + e | * * * * * * * | 20 + * * * * * + | * * * | 0 +----+-----------+------------+-----------+-----------+--+ 5 10 15 20 25 speed

Si vous souhaitez en savoir plus sur txtplot, utilisez help(txtplot) à partir de l'interprèteur R.

Tout paquet précompilé peut être installé à partir du CRAN avec install.packages(). Pour en savoir plus sur ce qui est disponible, vous pouvez trouver une liste des paquets officiels organisée par nom via la Liste des paquets disponibles du CRAN par nom.

Pour quitter R, vous pouvez taper q(). Vous pouvez appuyer sur n lorsque vous y êtes invité, à moins que vous ne souhaitiez enregistrer l'image de l'espace de travail.

Conclusion

R ayant été installé avec succès sur votre serveur, vous pourriez être intéressé par ce guide d’installation du serveur RStudio pour apporter un IDE au déploiement basé sur le serveur que vous venez de terminer.  Vous pouvez également apprendre comment configurer un serveur Shiny pour convertir votre code R en pages web interactives.

Pour plus d'informations sur la façon d'installer des paquets R en utilisant différents outils, vous pouvez lire comment les installer directement depuis GitHub, BitBucket ou d'autres endroits. Cela vous permettra de tirer profit des derniers travaux de la communauté active.

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